倉庫の保管料の仕組みと4つの料金体系を徹底解説

倉庫の保管料がわかりにくい2つの理由

物流費の中で、保管料は圧倒的にわかりにくい費用項目です。その理由は大きく2つあります。

理由①：「スペース」に対して発生する費用だから

配送料なら「60サイズ○円」、梱包料なら「1件○円」と、商品単位で理解しやすい費用です。ところが保管料は「商品」ではなく「倉庫のスペース」に対して発生します。荷主は自分の商品のサイズや量は把握していますが、それが倉庫内でどのように保管されるか、どのくらいのスペースを占めるかはわかりません。

しかも、同じ商品・同じ量でも、保管方法によって必要なスペースは変わります。出荷がほとんどない長期保管品なら、段ボールを積み上げてぎっちり保管することで効率を上げられます。一方、出荷頻度の高い商品は手の届く場所に広く配置し、ピッキングしやすい状態にする必要があるため、同じ量でも広いスペースを使うのです。ロケーション管理の手法については「物流倉庫における保管・ロケーション管理完全ガイド」で詳しく解説しています。

理由②：「坪」「パレット」など普段使わない単位が多い

物流倉庫の保管単位で最も多く使われるのが「坪」です。1坪＝3.3㎡（約たたみ2畳分）。物流業界は非常に歴史の古い産業であり、この「坪」という商習慣が今も根強く残っています。ほかにも「パレット」「㎥（立方メートル）」など、日常では使わない単位が飛び交うため、荷主にとってはハードルが高いのです。

覚えておきたい基本換算は、1坪＝3.3㎡＝約たたみ2畳分、1パレット≒0.5坪（一般的な計算の目安）です。この「適正な保管方法がわかりにくい」ことと「単位が馴染みにくい」ことが重なって、保管料は物流費の中でも圧倒的にわかりにくい項目になっています。

発送代行の費用構造全般については「発送代行の費用を徹底解説｜料金の仕組み・出荷件数別シミュレーション」も参考にしてください。倉庫の選び方全般は「EC物流倉庫の選び方完全ガイド」で解説しています。

保管料の4つの料金体系

保管料の料金体系は、商品の特性に応じて4つに分かれます。どの体系で契約するかによって、コストの計算方法も大きく変わります。

坪建て――最も業界で多い契約形態

1坪あたりの単価で保管料を計算する方法です。小物から家具まで多種多様な形の商品を保管する場合に適しています。契約形態は、あらかじめ使用する坪数を固定する「固定坪契約」と、実際に使用した坪数で請求する「使用坪契約」の2種類があります。

坪建てのメリットは汎用性の高さです。どんな商品でも対応でき、倉庫側にとっても管理しやすいため、国土交通省が所管する倉庫業の多くがこの形態を採用しています。一方で、使用坪数が月によって大きく変動するEC事業者にとっては、固定坪契約が割高になるケースもあるため注意が必要です。倉庫のレイアウトと保管効率の関係については「物流倉庫のレイアウト2026年版」で解説しています。

個建て――EC事業者に最適な形態

商品1個あたりの単価を設定し、実際に入庫した個数で保管料を計算します。商品サイズが均一な場合に適しており、ネットショップを開設して間もないスタートアップでSKU数が少ない場合には、コストダウンに直結することが多い形態です。

個建てをさらに発展させた「体積×個数×保管日数」方式を採用する業者もあります。商品の三辺サイズから算出した体積に基づく計算なので、商品の実際の大きさに比例した公平な保管料算出が可能です。小規模EC向けの発送代行選びについては「スモールECの発送代行導入判断ガイド｜月20件・50件・100件別の費用対効果計算」も参考にしてください。

パレット建て――大量出荷向け

パレット（商品を載せて輸送・保管する板状の物流機器）単位で保管料を計算します。パレット単位で荷動きする商品を大量に扱う場合に適しており、1パレットあたりの保管料の相場は常温で約2,000〜3,500円/月です。パレット建てのメリットは、荷物がパレットに載った状態のため荷役作業が効率化される点ですが、パレット上部の余剰スペースも課金対象になる点には注意が必要です。JANコードによる在庫管理については「JANコードとは？取得方法・種類・EC物流での活用メリット」で解説しています。

重量建て――液体・穀物などの特殊商材向け

商品の大きさに関係なく、重量で保管料を算出する方法です。容積よりも重量が大きい貨物（液体物や穀物など）に適用されます。一般的なEC商材ではあまり使われませんが、食品や飲料を扱う事業者は該当する可能性があります。食品ECの物流については「コールドチェーンとは2026年版｜低温流通の仕組み・食品EC事業者向け実務ガイド」を参照してください。

保管料の3つの計算方法

料金体系（坪建て・個建て等）が決まったら、次に確認すべきは「1ヶ月の保管料をどう計算するか」です。大きく3つの方法があります。

3期制――最も業界で一般的な計算方法

1ヶ月を3つの期間に分けて保管料を計算する、物流業界で最もポピュラーな方法です。

• 1期：1日〜10日
• 2期：11日〜20日
• 3期：21日〜末日

それぞれの期で「前期末在庫数＋今期入庫数」を算出し、保管料単価を掛けます。3期分を合計して1ヶ月の保管料になります。

3期制の具体的な計算例

保管単価：100円/個/期として、以下の入出庫パターンの場合を計算します。

ここで重要なのは、保管数の計算に「出庫数」は直接反映されない点です。2期に40個入庫して10個出庫した場合、期末在庫は60個ですが、保管料の計算上は「前期末30個＋入庫40個＝70個」が保管数になります。入出庫が頻繁なEC事業者は、この計算方法により実際の在庫数以上の保管料が発生する可能性があるため注意してください。

3期制で保管料を抑えるコツは、入庫のタイミングを期の前半に、出庫のタイミングを期の後半に寄せることです。期替りの直前に入庫すると、その期の保管料が1期分丸ごとかかったうえ、翌期の繰越在庫にもカウントされるため、2期分の保管料が発生してしまいます。

1ヶ月単位――シンプルな月額制

坪建ての固定坪契約や、1期制（前月末在庫数＋当月入荷総数×保管料単価）で計算する方法です。在庫量が安定している場合は月々の負担が予測しやすく、資金管理がシンプルになるのがメリットです。ただし、在庫が少ない月でも一定額を支払う必要があるため、季節変動が大きいEC事業者には不向きな場合もあります。

日割り計算――最も実態に即した方法

1日単位で保管数量×単価を計算する方法です。毎日の入出荷量がそのまま保管料に反映されるため、3つの計算方法の中で最も実態に即した保管料の算出が可能です。出荷頻度が高いEC事業者にとっては、日割り計算が最もフェアな計算方法と言えるでしょう。「体積×個数×保管日数」の日割り計算を採用している発送代行業者であれば、商品のサイズに比例した公平な保管料計算が実現できます。

どの計算方法が自社に合っているか

EC物流のコスト構造全般については「物流費・物流コスト完全ガイド2026年版」で解説しています。

保管料の相場はいくら？

保管料の具体的な相場を料金体系別に整理します。なお、保管料は倉庫の立地（都心部か郊外か）、温度管理の有無、倉庫の築年数やスペックによって大きく変動するため、あくまで目安として参考にしてください。

物流コスト全体に占める保管料の割合は約15〜16%とされており（国土交通省 物流施策に関するページ）、配送料（約55〜60%）や作業料（約25〜30%）に比べると小さいものの、在庫が増えると急激にコストが膨らむ性質があります。保管料以外にも、入庫料（10〜100円/個）、システム利用料（月額0〜5万円）、業務管理料（月額0〜5万円）などが固定費として発生する倉庫が一般的です。トータルコストの考え方は「EC・物流倉庫の料金相場完全ガイド」で解説しています。

EC事業者が保管料で損しないための5つのチェックポイント

見積もりを受け取ったとき、以下の5つを必ず確認しましょう。

① 計算方法は自社の出荷パターンに合っているか

毎日ある程度の出荷がある場合は日割り計算が有利で、月間で全く動かない在庫が多い場合は1ヶ月単位で単価交渉する方が合理的です。3期制は一般的ですが、入出荷が頻繁なEC事業者は割高になるリスクがあります。見積書に「3期制」「1期制」「日割り」のいずれかが記載されているかを確認し、記載がない場合は必ず質問してください。

具体的には、自社の月間入出庫データ（過去3〜6ヶ月分）を用意し、3期制・1ヶ月単位・日割りのそれぞれで保管料を試算してみるのが最も確実です。多くの発送代行業者は、入出庫データを提供すれば各計算方法でのシミュレーションを出してくれます。WMS（倉庫管理システム）を使えばこのデータの取得も容易になります。WMSの種類と評価基準については「物流WMS（倉庫管理システム）とは2026年版」で解説しています。

② 最低契約坪数の縛りがないか

「最低10坪から」などの縛りがある倉庫は、小規模なEC事業者には合いません。月間在庫量が少ない立ち上げ期は、個建てや体積ベースで保管料を計算してくれる業者を選びましょう。小規模ECの発送代行活用法については「【小規模EC・スタートアップ向け】発送代行を使うべき理由と選び方の完全ガイド」を参考にしてください。

③ 契約期間の縛りと解約条件

1年契約が必須の倉庫もあります。事業の成長に伴い保管ニーズが変わる可能性を考慮して、契約期間の柔軟性を事前に確認しておきましょう。とくに確認すべきは以下の3点です。

• 最低契約期間は何ヶ月か
• 中途解約時のペナルティ（違約金）はあるか
• 保管坪数の増減はいつまでに申請すればよいか

④ 温度管理が必要かどうか

食品やサプリメントを扱う場合、常温倉庫では品質が保てないケースがあります。冷蔵・冷凍倉庫の保管料は常温の1.5〜2倍になるのが一般的です。自社商品の保管温度条件を明確にした上で見積もりを依頼しましょう。温度管理が必要なEC商材については「サプリメントの発送代行｜費用の内訳・配送サイズ別の料金・保管条件」も参考になります。

⑤ 追加費用が隠れていないか

リフト作業料、長期保管加算（一定期間以上保管した在庫への追加料金）、パレット積み替え料など、見積もりに含まれていない費用が後から発生するケースがあります。以下の項目を「見積もりに含まれない費用はありますか？」と必ず確認しましょう。

• 長期保管加算：一定期間（90日・180日等）を超えた在庫に追加課金されるか
• リフト作業料：パレット荷役にフォークリフトを使う場合の作業料は別途か
• 棚卸し費用：月次棚卸しの作業費は保管料に含まれるか、別途か
• 繁忙期の保管スペース増量料：セール前に在庫を積み増す際、追加スペースの料金はどう計算されるか

発送代行業者の見積書に載らない隠れコストについては「発送代行業者を契約する前に確認すべき失敗パターン7選｜見積書に載らない隠れコストと責任分界点」で詳しく解説しています。在庫の適正化による保管料削減は「EC在庫管理の方法2026年版」を参照してください。

ケーススタディ：計算方法の変更で保管料を30%削減した事例

背景

季節雑貨を扱うEC事業者（SKU数150、月間出荷200件）。楽天市場とBASEの2モールを運営。以前の発送代行業者では坪建て・固定坪契約（10坪×5,500円＝月額55,000円）で保管料を支払っていた。クリスマスシーズン（10〜12月）は在庫が膨らみ10坪を超えるが、1〜3月は在庫が半減して5坪程度しか使わない。それでも10坪分の固定費が毎月かかり、閑散期の保管料が利益を圧迫していた。

対策

体積×個数×保管日数の日割り計算を採用する発送代行業者に切り替え。固定坪契約ではなく、実際に保管した量と日数に応じた従量課金に変更した。さらに、閑散期（1〜3月）に在庫を絞り込む発注計画を策定し、不良在庫の処分セールも実施して保管在庫を適正化した。

結果

繁忙期は使用量が増えるため保管料は微増したが、閑散期のコストが半減したことで年間トータルでは30%の削減を実現。浮いたコストを楽天スーパーSALEの広告費に充て、年間売上が約1.2倍に成長した。

保管料とキャッシュフローの関係については「EC事業者が見落とす保管料の罠｜在庫過剰・資金繰り悪化・キャッシュポジション管理」でさらに深掘りしています。在庫管理と棚卸しの効率化は「ネットショップの棚卸しを効率化する方法」を参照してください。

まとめ：保管料を理解して、最適な物流パートナーを選ぼう

倉庫の保管料がわかりにくい理由は、「スペースに対する費用」であることと「坪やパレットなど馴染みのない単位」が使われることの2つです。本記事のポイントを整理します。

• 料金体系は4種類：坪建て・個建て・パレット建て・重量建て。EC事業者には、商品サイズに比例した「個建て」または「体積ベースの日割り計算」が最もフェアな選択肢
• 計算方法は3種類：3期制・1ヶ月単位・日割り計算。入出庫が頻繁なEC事業者は3期制で割高になるリスクがあるため、日割り計算を採用する業者が有利
• 相場は坪建てで4,000〜7,000円/坪/月。物流コスト全体の約15%を占めるが、在庫が増えると急激にコストが膨らむ性質がある
• 見積書で確認すべき5項目：計算方法、最低契約坪数、契約期間の縛り、温度管理、追加費用の有無
• 保管料の計算方法を変えるだけで年間30%削減も可能。自社の在庫パターン（季節変動・出荷頻度）に合った計算方法を選ぶことがコスト最適化の鍵

発送代行の仕組み・費用・業者選びの全体像は「発送代行完全ガイド｜仕組み・費用・業者選び・導入手順をすべて解説」で網羅しています。STOCKCREWの保管料は体積×個数×保管日数のシンプルな日割り計算で、初期費用・固定費・システム利用料すべて0円の完全従量課金制です。サービスの詳細は「STOCKCREW完全ガイド｜サービス内容・料金・倉庫・導入方法を徹底解説」をご覧ください。まずは無料のサービス資料をダウンロードするか、お問い合わせページからお気軽にご相談ください。