インボイス制度の「経過措置」が、2026年10月に節目を迎えます。令和8年度税制改正により、免税事業者などインボイス発行事業者以外からの仕入れについて認められてきた控除割合が、これまでの80%から70%へと縮小されます（当初予定の50%からは緩和され、期限も2年延長）。あわせて、年1億円を超える該当仕入れには経過措置を使えなくする上限も新設されました。個人・小規模の仕入先や外注先が多いEC事業者ほど、仕入コストと取引条件に影響します。本記事では変更点と実務対応を整理します。仕入・出荷まわりの体制整備は発送代行完全ガイドもあわせてご覧ください。
2026年10月に何が変わるのか
インボイス制度では、免税事業者などからの課税仕入れについて、本来は仕入税額控除ができないところを、一定割合だけ控除できる「経過措置」が設けられてきました。2023年10月から2026年9月までは、その割合が仕入税額相当額の80%でした。
令和8年度税制改正で、この経過措置は適用期限が2年延長されるとともに、控除割合が見直されました。結果として、2026年10月からは70%に縮小されます。当初の制度設計では2026年10月に一気に50%へ下がる予定でしたが、それが70%へと緩和された形です。その後も段階的に縮小し、2028年10月から50%、2030年10月から30%、2031年10月に終了する予定です。
そもそも「経過措置」とは
インボイス制度では、仕入税額控除を受けるために、原則として適格請求書（インボイス）の保存が必要です。ところが、免税事業者や消費者などインボイスを発行できない相手から仕入れると、本来は控除ができません。これでは免税事業者との取引が急に不利になり、取引排除が起きかねないため、激変緩和として設けられたのが経過措置です。
経過措置を使えば、インボイスがない仕入れでも、仕入税額相当額の一定割合（現在80%、2026年10月から70%）を控除できます。つまり免税事業者からの仕入れでも、その割合ぶんは消費税の負担を抑えられる仕組みです。インボイス制度の実務全体はインボイス制度2年目の発送代行請求書実務で整理しています。
もう一つの重要変更——1億円上限の新設
控除割合の縮小と並んで見落とせないのが、経過措置の適用に上限が設けられた点です。令和8年度改正では、一のインボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れの合計額（税込）が、その年または事業年度で1億円を超える場合、超えた部分には経過措置（7・5・3割控除）を適用できないことになりました。改正前の基準は10億円だったため、対象が大きく引き下げられています。
| 項目 | 改正前 | 改正後（令和8年度） |
|---|---|---|
| 2026年10月の控除割合 | 50%（当初予定） | 70%（緩和） |
| 経過措置の期限 | 2029年9月まで | 2年延長 |
| 適用の上限（税込・年間） | 10億円超は対象外 | 1億円超は対象外 |
一定規模以上の仕入れを免税事業者から行っている事業者は、1億円を超える部分について経過措置が使えなくなり、実質的な負担が増えます。仕入先の構成によっては、割合の緩和（80%→70%）よりこの上限のインパクトが大きい場合もあります。
EC事業者への影響
EC事業者にとって、この変更は「仕入先・外注先に免税事業者が多いほど効いてくる」性質のものです。たとえば、小規模の製造元やハンドメイド作家からの仕入れ、個人の業務委託（撮影・ライティング・軽作業など）、フリーランスへの外注が多い場合、控除できない部分が段階的に増え、コストとして跳ね返ります。
対応の方向性は主に3つです。1つは、仕入先にインボイス発行事業者（課税事業者）への登録を相談すること。2つ目は、価格・発注条件の見直しで負担を調整すること（ただし一方的な買いたたきは下請法・取適法上の問題になり得るため注意が必要です）。3つ目は、自社の消費税計算方法（本則課税か簡易課税・2割特例か）を含めて有利な選択を検討することです。取引適正化の観点は取適法で物流委託が変わるもあわせて確認してください。
影響の大きさを、ごく簡単な例でイメージしてみましょう。免税事業者から年間1,100万円（うち消費税相当100万円）を仕入れているとします。控除割合が80%なら控除できるのは80万円で、自社が負担する消費税は20万円。これが70%になると控除は70万円、負担は30万円に増えます。差は年10万円ですが、仕入額が大きくなるほど、また割合が50%・30%へ下がるほど、負担は加速度的に増えていきます。さらに前述の1億円上限に触れる規模の事業者では、超過部分は控除ゼロとなるため、影響はさらに大きくなります。まずは「免税事業者からの年間仕入額 × 縮小する控除割合の差」で、自社のおおよその追加負担を掴んでおくことが大切です。
注意したいのは、負担が増えるからといって、免税事業者の取引先に一方的に値下げを迫ったり、取引を打ち切ったりすると、独占禁止法や下請法・取適法上の問題になり得る点です。仕入価格の見直しは、消費税の負担増を踏まえた合理的な協議として、双方納得のうえで進める必要があります。制度変更を口実にした買いたたきと受け取られないよう、根拠を示した丁寧な交渉を心がけましょう。
今すぐ整える仕入・請求の実務
制度の縮小に振り回されないために、まずは自社の取引を「見える化」することが出発点です。次の順で整理しましょう。
- 仕入先・外注先の登録状況を棚卸し：取引先ごとに、インボイス発行事業者か免税事業者かを一覧化する。
- 免税事業者からの年間仕入額を集計：1億円上限に触れる可能性があるか、割合縮小の影響額はどれくらいかを試算する。
- 会計・受発注データの整備：どの仕入れに経過措置が適用され、割合がいくらかを、システム上で正しく処理できるようにする。
準備は2026年10月を待たずに進めるのが得策です。9月までは80%控除が使えるため、その間に取引先の登録状況の確認、仕入額の集計、会計システムの設定変更（新しい控除割合への対応）を済ませておけば、10月の切り替えを混乱なく迎えられます。特に会計ソフトの設定や仕訳の運用ルールは、切り替え直前に慌てると誤処理の原因になります。月次で消費税を管理している事業者は、9月と10月で控除割合が変わることを経理担当と共有し、区切りを明確にしておきましょう。
この「見える化」は、日々の受発注・請求・出荷のデータが整っていて初めて成り立ちます。発送代行を使って出荷・請求まわりのデータを一元化しておくと、仕入・外注の管理とあわせて、制度対応の基盤が整います。発送代行の仕組みは発送代行完全ガイドで、STOCKCREWの体制はSTOCKCREW完全ガイドで解説しています。なお、具体的な税額計算や自社に有利な選択は、必ず顧問税理士に確認してください（本記事は一般的な情報提供であり、個別の税務判断に代わるものではありません）。
まとめ：制度の縮小を「見える化」で乗り切る
2026年10月から、免税事業者などからの仕入れの控除割合は80%から70%へ縮小されます。当初予定の50%からは緩和され期限も2年延びましたが、その後も段階的に縮小し、2031年10月に終了する予定です。あわせて、年1億円超の該当仕入れには経過措置を使えない上限も新設されました。EC事業者にとっては、仕入先・外注先に免税事業者が多いほど負担が増えるため、取引先の登録状況と年間仕入額の棚卸し、会計データの整備が欠かせません。制度の縮小は、取引と数字の見える化で計画的に乗り切ることができます。
仕入・出荷まわりの体制を整えたい方は発送代行完全ガイドを、STOCKCREWのサービス全体像はSTOCKCREW完全ガイドをご覧ください。自社の体制の相談はお問い合わせから、費用感の把握は資料ダウンロードからご確認いただけます。
よくある質問（FAQ）
Q. インボイスの経過措置は2026年10月に何%になりますか？
免税事業者などからの仕入れの控除割合は、2026年10月から70%になります。令和8年度税制改正で、当初予定の50%から緩和され、適用期限も2年延長されました。
Q. その後の控除割合はどう変わりますか？
2026年10月から70%、2028年10月から50%、2030年10月から30%へと段階的に縮小し、2031年10月に経過措置が終了する予定です。
Q. 1億円の上限とは何ですか？
令和8年度改正で新設されたルールで、一のインボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れの合計額（税込）が、その年または事業年度で1億円を超える場合、超えた部分には経過措置を適用できません。改正前の基準は10億円でした。
Q. EC事業者にはどんな影響がありますか？
小規模の仕入先や個人への外注など、免税事業者との取引が多いほど、控除できない部分が段階的に増えてコスト増につながります。取引先の登録状況と年間仕入額を棚卸しし、価格・取引条件や会計処理を見直す必要があります。
Q. まず何をすべきですか？
仕入先・外注先がインボイス発行事業者か免税事業者かを一覧化し、免税事業者からの年間仕入額を集計して影響を試算します。会計・受発注データを整え、具体的な税額計算や有利な選択は顧問税理士に確認するのが安全です。
