ネットショップを開業する際のECプラットフォーム選びで、多くの人は「月額費用」「デザインの自由度」「機能の充実度」を比較します。しかし、開業後に利益率を最も大きく左右するのは、実は「物流コスト」——配送料・梱包資材費・プラットフォーム手数料・決済手数料の合計です。
本記事では「手数料＋物流コストを含めた真の利益率」で3大プラットフォーム（BASE・STORES・Shopify）を比較します。さらに発送代行API連携の対応状況、商品単価別の最適判定、無料プランの「隠れコスト」まで、2026年6月時点の最新手数料で解説します。料金は改定されるため、契約前に各社の公式ページでご確認ください。
この記事の内容
ECプラットフォームを「月額費用0円のBASEが最安」と判断するEC事業者は多いですが、実際に商品を販売すると、1件の注文ごとにプラットフォーム手数料・決済手数料・配送料・梱包資材費が発生します。これらを合算した「1件あたりの真のコスト」で比較すると、月額0円のプラットフォームが必ずしも最安ではないケースが頻繁に発生します。EC市場が拡大し出荷量が増えるほど、この1件あたりコストの差は利益に大きく響きます。多くの開業者は「とりあえず月額0円で始める」と考えますが、本当に比較すべきは「1件売れたときに手元にいくら残るか」です。月額費用は固定費、手数料・配送料・資材費は変動費——この両方を合算した総コストで初めて、自社にとって本当に得なプラットフォームが見えてきます。
物販系分野のBtoC-EC市場規模は、前年の14兆6,760億円から5,434億円増加し、15兆2,194億円となり、増加率は3.70%でした。
たとえば商品単価3,000円・仕入れ原価1,000円の商品をBASEスタンダード＋自社発送（60サイズ・個人契約930円）で販売する場合、BASEの手数料（サービス利用料3%＋決済3.6%＋40円）＝約238円、配送料930円、資材費100円を引くと、利益は3,000−1,000−238−930−100＝732円（利益率24.4%）。一方、同じ商品をShopify＋STOCKCREWの発送代行（コミコミ560円）で販売すると、Shopifyの決済手数料3.4%＝約102円を引いて、利益は3,000−1,000−102−560＝1,338円（利益率44.6%）です。
月間50件販売すれば、Shopify＋発送代行の方が月額4,850円を差し引いても月間利益で約2万円多くなります。「月額費用が0円か4,850円か」だけで比較すると誤った判断になります。「1件あたりの真の利益額」で比較する——これが物流コスト込みの比較の本質です。発送代行の費用構造もあわせてご覧ください。
まず3プラットフォームの手数料構造を、2026年6月時点の最新料金で整理します。料金は改定されることがあるため、最新の正確な金額は各社公式（BASE／STORES）でご確認ください。
| 項目 | BASE スタンダード | STORES フリー | Shopify ベーシック |
|---|---|---|---|
| 月額費用 | 0円 | 0円 | 4,850円（年払い月3,650円） |
| サービス利用料 | 3% | なし | なし |
| 決済手数料 | 3.6%＋40円 | 5.5〜6.5% | 3.4%（国内クレカ） |
| 合計手数料（3,000円時） | 約238円（約7.9%） | 約195円（約6.5%） | 約102円（約3.4%） |
BASEのスタンダードプラン（旧フリープラン）は月額0円で始められますが、サービス利用料3%＋決済手数料3.6%＋40円が1件ごとに発生します。3,000円の商品で約238円（約7.9%）が引かれます。月額がゼロな分、1件あたりの手数料率が高い構造で、件数が増えるほど手数料の累積が大きくなります。立ち上げ期に「とにかく固定費をかけたくない」場合には最適ですが、売上が伸びるほど割高感が増す点は理解しておきましょう。BASEの手数料を解説した記事もあわせてご覧ください。
STORESのフリープランも月額0円で、手数料は決済手数料5.5〜6.5%（決済手段により変動）です。3,000円の商品で約195円（代表値6.5%・決済手段により変動）の手数料が発生します。BASEのようなサービス利用料が別途かからない、わかりやすい料金構造が特徴です。出荷件数が増えたら、月額3,300円のスタンダードプラン（決済3.6〜4.6%）に移行すると手数料率が下がり、件数次第で有利になります。サービスの特徴はSTORESとは何かを解説した記事で整理しています。
Shopifyのベーシックプランは月額4,850円（年払いで月3,650円）ですが、決済手数料は3.4%（Shopifyペイメント・国内クレジットカード）と3プラットフォーム中で最も低く、サービス利用料は0円です。3,000円の商品で約102円——BASEの238円やSTORESの195円と比べて大きく安く、月間50件以上の出荷があれば月額費用を差し引いてもShopifyが最も利益率が高くなります。さらにShopifyは独自ドメイン接続・多言語/多通貨対応・豊富なアプリ拡張など、ブランドを本格的に育てるための機能が充実しており、月額費用は「手数料の安さ」だけでなく「事業を伸ばす機能への投資」と捉えることもできます。
手数料だけでなく、配送コストと梱包資材費を含めた「真の利益率」で比較します。共通条件は、仕入れ原価＝販売価格の33%（粗利67%）、60サイズ、自社発送の配送料930円（個人契約）、発送代行の配送料560円（STOCKCREWコミコミ価格・資材費込み）、自社発送時の資材費100円とします。
仕入れ原価660円。BASEスタンダード＋自社発送：2,000−660−（2,000×6.6%＋40＝172）−930−100＝138円（利益率6.9%）。Shopifyベーシック＋発送代行：2,000−660−（2,000×3.4%＝68）−560＝712円（利益率35.6%）。月間50件なら、BASE＝月間利益6,900円、Shopify＝35,600円−月額4,850円＝30,750円。2,000円台ではShopify＋発送代行が圧倒的に有利です。
仕入れ原価1,650円。BASEスタンダード＋自社発送：5,000−1,650−（5,000×6.6%＋40＝370）−930−100＝1,950円（利益率39%）。Shopifyベーシック＋発送代行：5,000−1,650−（5,000×3.4%＝170）−560＝2,620円（利益率52.4%）。月間50件なら、BASE＝97,500円、Shopify＝131,000円−4,850円＝126,150円。単価が上がるほど手数料率の差が利益額の差に直結します。
仕入れ原価2,640円。BASEスタンダード＋自社発送：8,000−2,640−（8,000×6.6%＋40＝568）−930−100＝3,762円（利益率47%）。Shopifyベーシック＋発送代行：8,000−2,640−（8,000×3.4%＝272）−560＝4,528円（利益率56.6%）。月間50件なら、BASE＝188,100円、Shopify＝226,400円−4,850円＝221,550円。高単価商品ほど手数料率の差（％）が金額として大きく効くため、Shopify＋発送代行の優位がさらに広がります。アパレル・コスメなど単価が高めの商材では、早い段階での移行検討が利益に直結します。
商品単価2,000円以上で月間出荷30件を超える場合、Shopify＋発送代行の組み合わせが最も利益率が高くなります。逆に月間出荷10件未満の超小規模なら、BASEやSTORESの月額0円プランでスタートし、件数が増えた段階でShopifyに移行するのが合理的です。キャッシュフロー経営の観点でも、固定費（月額）と変動費（手数料）のバランスを自社の出荷規模で見極めることが重要です。
もう一つ見落としてはならないのが、手数料率の差が「売上が伸びるほど」効いてくるという点です。月10件のうちは数百円の差でも、月500件になれば月数万円、年間では数十万円の差になります。プラットフォームは一度選ぶと移行に手間がかかるため、「今の件数」だけでなく「1年後に目指す件数」での試算を必ず行いましょう。特にShopifyの月額固定費は、出荷件数が一定を超えると1件あたりに薄まって割安になります。固定費を「件数で割った1件あたり負担」で捉えると、損益分岐が見えやすくなります。たとえば月額4,850円は、月50件なら1件あたり97円ですが、月200件なら1件あたり24円まで下がります。手数料率の低さ（3.4%）と合わせれば、件数が増えるほどShopifyの総コストはBASE・STORESを下回っていきます。自社の出荷件数の伸びを見据えて、固定費を「投資」として捉えられる段階かどうかを判断軸にしましょう。
プラットフォーム選びでAPI連携の対応状況を確認することは、長期的な運営効率に直結します。API連携が実現すれば、注文→出荷指示→追跡番号反映→在庫同期が完全自動化され、出荷作業に手を触れる必要がなくなります。
| プラットフォーム | API連携 | 自動化できる範囲 |
|---|---|---|
| Shopify | ◎ Webhook対応・リアルタイム連携 | 注文・出荷・追跡番号・在庫すべて自動 |
| BASE | ○ API連携対応 | 注文取得・追跡番号反映の自動化 |
| STORES | △ 一部対応（発送代行による） | 連携範囲は発送代行側に要確認 |
ShopifyはWebhook（イベント駆動型の通知機能）に対応しており、注文確定の瞬間にリアルタイムでWMSにデータが送信されます。在庫の双方向リアルタイム同期にも対応し、複数チャネルの在庫一元管理も実現できます。発送代行との連携でShopifyは最も柔軟性が高く、STOCKCREWを含む多くの発送代行がShopify APIに対応しています。
BASEもAPI連携に対応しており、発送代行との間で注文データの自動取得と追跡番号の自動反映が実現できます。STOCKCREWではBASEとのAPI連携に対応し、注文→出荷→追跡番号反映の自動化が可能です。
STORESのAPI連携は発送代行によって対応範囲が異なります。一部の発送代行はSTORESと連携しますが、対応していない場合はCSV連携（手動アップロード）での運用になります。STORESを利用する場合は、検討中の発送代行がSTORESと連携できるかを事前に確認しましょう。
API連携の有無は、出荷件数が増えたときに運用負担が比例して増えるか・増えないかを分けます。手動CSV運用では、件数が2倍になれば取込・出力の作業も2倍になりますが、API連携なら件数が増えても作業はゼロのままです。つまりAPI連携は「件数を増やしても自分が忙しくならない」ためのレバーであり、事業をスケールさせたいなら最優先で確認すべき項目です。Shopifyは連携の柔軟性が高く、将来的に複数チャネル展開や定期購買を導入する場合にも拡張しやすいのが強みです。逆に、当面は出荷件数が少なく手動運用で十分なら、連携の深さよりも初期費用の低さを優先する判断もあり得ます。自社の成長スピードに合わせて連携レベルを選ぶことが、過不足のない選定につながります。
「月額0円」でも、実際の運営では次の5つの隠れコストが発生します。これらを含めて比較しないと、無料プランが本当に得かを正しく判断できません。
| 隠れコスト | 金額の目安 |
|---|---|
| ①振込手数料 | BASE 250〜750円/回、STORES 275円/回（Shopifyペイメントは無料） |
| ②配送料の個人契約割高 | 法人契約より30〜40%割高（60サイズ個人930円→代行560円） |
| ③梱包資材費 | 段ボール＋緩衝材＋テープで50〜200円/件 |
| ④出荷作業の人件費 | 1件15分×時給換算（見えない人件費） |
| ⑤独自ドメイン費 | 年間1,000〜3,000円 |
EC化率については、「書籍、映像・音楽ソフト」（56.45%）、「生活家電、AV機器、PC・周辺機器等」（43.03%）において高い値となっています。
5項目のうち利益への影響が大きいのが②と④です。自社発送の配送キャリア契約は個人契約となり、法人契約と比べ30〜40%割高です。60サイズで個人930円に対し発送代行の法人契約なら560円前後——1件370円の差は月100件で月37,000円になります。また自分の出荷作業時間を時給2,000円で換算すると、1件15分×月100件＝月25時間＝月50,000円相当の「見えない人件費」。この時間を商品開発や集客に回せば売上向上のレバレッジが生まれます。自社発送と発送代行の損益分岐もあわせてご覧ください。
無料プランが選ばれやすいのは、「目に見える固定費がゼロ」という安心感があるからです。しかし実際には、上記5項目の隠れコストが1件ごと・毎月のように積み上がります。特に振込手数料や配送料の割高分は「気づかないうちに利益を削る」性質のコストで、月次の損益を細かく見ない事業者ほど見落とします。重要なのは、月額費用という「見えるコスト」だけでなく、1件あたりに発生する「見えにくいコスト」まで含めて総額で比較することです。無料プランは「立ち上げ期にリスクを抑える」には最適ですが、出荷が増えた段階では有料プランや発送代行の方がトータルで安くなることが多い、と理解しておきましょう。
まだテスト販売の段階なら、月額0円のBASEスタンダードまたはSTORESフリーでリスクゼロでスタートしましょう。この段階では手数料率の差が月間利益に与える影響は小さいため、「使いやすさ」「デザインの好み」で選んで問題ありません。出荷作業も自分で行えるボリュームです。
出荷が月10件を超え始めると、手数料率の差が利益に影響し始めます。STORESスタンダード（月額3,300円・決済3.6〜4.6%）に移行すると、フリープラン（5.5〜6.5%）との差が月額を上回るタイミングが来ます。自社の売上規模で月額固定費を回収できるかを試算して判断しましょう。
月間出荷50件を超えたら、Shopifyベーシック（決済3.4%）＋発送代行の組み合わせが最も利益率が高くなります。API連携による出荷の完全自動化も実現し、EC事業者は物流から解放されて商品開発・集客に集中できます。発送代行のメリット・デメリットもあわせてご覧ください。
たとえば、BASEで月10件ほど販売していたハンドメイド作家が、SNSでの認知拡大により月60件まで出荷が伸びたことを機に、Shopify＋発送代行へ移行した——というのはよくある成長パターンです。BASE時代は手数料率の高さと自分での梱包・発送に追われていましたが、移行後は手数料率が下がり、出荷作業もゼロに。空いた時間を新作制作とSNS運用に回せたことで、さらに売上が伸びる好循環が生まれます。ポイントは「出荷件数が増えてから移行を検討する」のではなく、月50件が見えてきた段階で準備を始めることです。移行には商品データの移行やAPI連携の設定に1〜2週間かかるため、繁忙期前に余裕を持って切り替えるのが理想です。（※一般的な活用イメージであり、特定の利用者の事例ではありません）
ECプラットフォーム選びの本質は「月額費用が安いか」ではなく、「1件あたりの真の利益額が最大になるか」です。手数料率・決済手数料・配送料・梱包資材費・振込手数料を含めた「真のコスト」で比較すれば、月額0円のプラットフォームが必ずしも最安ではないことがわかります。
商品単価2,000円以上で月間出荷50件以上のEC事業者には、Shopify（決済3.4%）＋発送代行（コミコミ560円〜）の組み合わせが最も利益率の高い選択肢です。月間出荷10件未満のテスト段階ではBASEやSTORESの月額0円プランでスタートし、件数が増えた段階でShopifyに移行する——この段階的アプローチが、リスクを最小化しながら利益率を最大化する王道です。プラットフォームは「最初に完璧な正解を選ぶ」ものではなく、「事業フェーズに合わせて乗り換えていく」ものだと捉えると、過度に悩まず一歩を踏み出せます。料金は改定されるため、最終判断の前に各社公式の最新料金を必ず確認してください。STOCKCREWのサービス完全ガイドも参考に、まずは無料の資料ダウンロード、またはお問い合わせからお気軽にご相談ください。
「月間出荷件数」と「商品単価」で決まります。月間出荷10件未満ならBASEかSTORES（月額0円でスタート）、月間出荷50件以上で単価2,000円以上ならShopify＋発送代行（手数料率が最低で利益率が最大化）が最適です。手数料率はBASE約7.9%、STORESフリー約6.5%、Shopify約3.4%（3,000円時）が目安です。
可能です。ただし商品データ・顧客データの移行、独自ドメインの付け替え、発送代行のAPI連携の再設定が必要で、移行期間は1〜2週間が目安です。まだ売上が見込めない段階では月額0円のプランでテスト販売し、軌道に乗ってから移行するのも合理的です。
モール型（楽天・Amazon・Yahoo!ショッピング）は集客力が高い反面、手数料率が高めで価格競争も激しいです。自社ブランドを育てたい場合はカート型（Shopify・BASE・STORES）が適しています。両方を併用する「ハイブリッド戦略」も有効です。各モールの特徴はECモールを比較した記事で整理しています。
変わります。発送代行を利用すると配送料が個人契約より大幅に安くなるため、「手数料率の低いプラットフォーム」のメリットがさらに大きくなります。配送料930円（個人）→560円（発送代行）の差額が加わるため、Shopifyの手数料率の低さ＋発送代行のコミコミ価格の組み合わせが最も利益率の高い構造になります。
2026年6月時点で、フリープラン（月額0円）は決済手数料5.5〜6.5%、スタンダードプラン（月額3,300円）は決済手数料3.6〜4.6%です（決済手段により変動）。出荷件数が増えるとスタンダードプランの方が有利になる場合があります。最新の料率は公式の料金ページでご確認ください。