中国やASEANから商品を仕入れてECで販売しているビジネスでは、発送代行や倉庫費用と同様に「関税」が利益を大きく左右します。ところが、関税の仕組みをきちんと理解せずに輸入を始め、想定外のコストが発生して価格設定を見直すことになった——という事業者は少なくありません。本記事では、EC事業者が輸入仕入れを行う際に知っておくべき関税の基礎知識から計算方法、FTA/EPA活用による削減戦略、そして2026年の最新動向まで、実務に直結する形で解説します。
関税とは？EC仕入れに直結する「隠れたコスト」の正体
関税の定義と目的
関税（customs duty / tariff）とは、外国から輸入される貨物に対して課される税金です。日本では財務省が所管し、税関が徴収します。関税の主な目的は国内産業の保護と財政収入の確保で、品目・原産国・輸入量によって税率が細かく設定されています。
EC事業者にとって関税が「隠れたコスト」になりやすいのは、商品の仕入れ価格だけを見て採算を計算してしまうからです。実際には関税・消費税・通関手数料が積み重なり、輸入原価が仕入れ額の1.2〜1.4倍になるケースも珍しくありません。輸入仕入れを事業の柱にするなら、最初から「ランディングコスト（日本国内に届くまでの全コスト）」で採算を考える習慣が重要です。
EC事業者が関税を意識すべき3つの場面
関税が事業に影響を与える場面は主に3つあります。第一に、中国仕入れや個人ネットショップの仕入れのように輸入仕入れをするとき。第二に、越境ECで海外の消費者へ商品を輸出するとき（相手国の関税が消費者に課される）。そして第三に、Amazon・楽天などのプラットフォームで越境ECの関税情報を消費者向けに正確に表示する必要があるときです。
本記事では主に「輸入仕入れをするEC事業者」の視点で解説しますが、越境EC輸出に関わる部分は第5節でまとめて触れます。
関税の種類と税率の決まり方（従価税・従量税・HSコード）
従価税・従量税・混合税の違い
関税の課税方式は主に3種類あります。従価税は輸入品の価格（課税価格）に一定の税率を掛けるもので、日本の輸入品に最も広く使われています。「CIF価格×9.1%」のように計算します。従量税は価格ではなく重量・容量・数量などに対して課税する方式で、一定重量あたりいくら、という形で設定されています。混合税は従価税と従量税のどちらか高いほうを適用する方式で、農産品などで採用されることがあります。
EC事業者が仕入れる一般的な工業品（アパレル・化粧品・雑貨・電子機器など）は従価税が適用されるケースが多く、「CIF価格×税率」という計算式が基本となります。
HSコードが税率を決定する仕組み
関税率は品目によって異なり、その品目を国際的に統一した分類体系で表すのがHSコード（Harmonized System Code）です。HS条約に基づく国際共通番号であり、210以上の国・地域で使用されています。
日本の輸入申告では10桁のコードを使用しますが、最初の6桁が国際共通（HS番号）、残り4桁が日本独自の細分化に対応しています。コードが1桁異なるだけで税率が大きく変わるため、正確なHSコードの特定が関税コスト管理の出発点です。
HSコードの調べ方としては、財務省が提供する実行関税率表（税関ウェブサイト）で検索するか、通関業者（フォワーダー）に確認するのが確実です。不明な場合は税関へ「事前教示」の申請もできます。正式な回答が文書で得られるため、輸入後の追徴リスクを回避できます。
基本税率・協定税率・EPA税率の使い分け
日本の関税には複数の税率が存在し、輸入時に最も有利な税率が適用されます。主要な3種類を理解しておきましょう。
| 税率の種類 | 適用条件 | 特徴 |
|---|---|---|
| 基本税率 | WTO未締結・非適用国からの輸入 | 最も高い。適用されるケースは少ない |
| 協定税率（WTO税率） | WTO加盟国（中国・米国など）からの輸入 | 基本税率より低い。一般的な輸入で適用 |
| EPA/FTA税率 | EPA/FTA締結国（ASEAN・EUなど）からの輸入で原産地証明書を取得 | 最も低い。0%になる品目も多い |
| 特恵税率（GSP） | 開発途上国からの輸入（一般特恵関税制度） | 途上国支援目的。0%〜低税率 |
主要EC商材の参考税率（WTO協定税率）は下表のとおりです。ただし品目の細分化によって税率は異なるため、必ず実行関税率表での確認が必要です。
| 商材カテゴリ | HS番号（概略） | WTO協定税率（目安） | 備考 |
|---|---|---|---|
| 衣類（ニット以外） | 62類 | 9.1〜11.2% | 素材・形状で細分化 |
| 衣類（ニット） | 61類 | 9.1〜10.9% | 素材・形状で細分化 |
| 化粧品・香水 | 3303〜3307類 | 3.9〜6.9% | 品目により0%の場合も |
| サプリメント・健康食品 | 2106類 | 6.4〜9.6% | 成分・形状で変動 |
| 家電・電子機器 | 85類 | 0〜4.4% | 多くが無税または低税 |
| 玩具・ゲーム | 9503〜9504類 | 0〜3.9% | 多くが無税 |
| 雑貨・家具 | 9401〜9403類 | 0〜2.7% | 多くが無税または低税 |
| バッグ・革製品 | 4202類 | 4.4〜4.8% | 素材によって異なる |
関税率は財務省が定期的に改定します。輸入申告時点の最新税率は、税関ウェブサイトの実行関税率表で必ず確認してください。
EC事業者が関税を支払うタイミングと通関の実務
輸入時の通関フロー全体像
輸入通関手続きは、貨物が日本の港・空港に到着してから荷主（輸入者）が引き取れるようになるまでの一連のプロセスです。通常は輸入申告→審査・検査→関税・消費税納付→輸入許可→貨物引き取りという流れをたどります。
書類審査のみで通過できる「書類審査」と現物を検査する「貨物検査」があり、後者の場合は数日から数週間の遅延が生じることもあります。EC事業者は在庫補充の計画に通関のリードタイムを組み込んでおく必要があります。特に季節商材やセール在庫の補充では、通関遅延が売上機会の損失に直結します。
個人輸入・商業輸入の違いと少額免税の扱い
個人が自分で使う目的で輸入する「個人輸入」と、事業として輸入する「商業輸入」では扱いが異なります。特に重要なのが少額免税の扱いです。個人使用目的の輸入では、課税価格の合計額が1万円以下の場合は関税・消費税が免除されます（ただし合算評価が行われることもあります）。
一方、事業目的の商業輸入では少額であっても関税・消費税が課されます。EC事業者がテスト仕入れや小ロットで輸入する場合も商業輸入に該当するため、注意が必要です。なお、デミニミス制度（米国の800ドル以下免税など）は輸出先の制度であり、日本国内での輸入とは別の話になります。
通関代行業者（乙仲・フォワーダー）の活用法
EC事業者が自ら輸入申告を行うことは可能ですが、実務上はほとんどの場合、通関業者（乙仲）や国際輸送業者（フォワーダー）に代行を委託します。メリットは、HSコードの特定・書類作成・税関との折衝をプロに任せられること、そして申告ミスによる追徴リスクを低減できることです。
通関代行費用の目安は1件あたり5,000〜20,000円程度で、貨物量・品目の複雑さによって変わります。複数の通関業者から見積もりを取り、関税コストとあわせてトータルコストを比較することを推奨します。また海外仕入れの物流全体（国際輸送〜通関〜国内配送）をワンストップで対応できる業者を選ぶと、管理コストを抑えられます。
| 書類名 | 内容 | 必須度 |
|---|---|---|
| インボイス（Commercial Invoice） | 売買契約の証明。品名・数量・単価・取引条件（インコタームズ）を記載 | 必須 |
| パッキングリスト | 梱包明細。箱数・重量・サイズを記載 | 必須 |
| B/L（船荷証券）またはAWB（航空貨物運送状） | 輸送契約の証明。海運はB/L、航空はAWBを使用 | 必須 |
| 原産地証明書（CO） | 製品がどの国で製造されたかを証明。FTA/EPA税率適用に必要 | EPA/FTA適用時は必須 |
| 輸入承認証（I/L） | 輸入規制品目の場合に必要（農産品・化学品・医療機器など） | 規制品目のみ |
| 検査証明書・成分分析書 | 化粧品・サプリメント・食品などで求められる場合がある | 品目により必要 |
ランディングコストの計算方法（関税＋消費税＋通関費用）
ランディングコストの構成要素
ランディングコストとは、商品が仕入れ先（海外工場・メーカー）から出発し、日本の自社倉庫または発送代行倉庫に到着するまでに発生するすべてのコストの合計です。EC事業の採算はランディングコストを起点に計算しなければ、利益率を正確に把握できません。
主な構成要素は商品代金（FOB価格）、国際輸送費、海上保険料、関税、輸入消費税、通関費用・港湾費用の6つです。これらをCIF価格（保険・運賃込みの輸入価格）を基準に計算します。
実際の計算手順（ステップ式）
ランディングコストは次の手順で計算します。
- CIF価格を算出する：FOB価格（工場渡し価格）＋国際輸送費＋海上保険料
- 関税額を計算する：CIF価格×関税率（HSコードで確認した税率）
- 課税標準を算出する：CIF価格＋関税額
- 輸入消費税を計算する：課税標準×10%（消費税率）
- 通関費用・港湾費用を加算する：1件あたり5,000〜20,000円（業者・量による）
- ランディングコストを合計する：CIF価格＋関税額＋輸入消費税＋通関費用
関税額・輸入消費税の計算方法の詳細は、税関のカスタムスアンサー（関税・消費税等の税額計算方法）でも確認できます。
消費税の取り扱い（仕入税額控除）
輸入時に支払った消費税は、課税事業者であれば仕入税額控除として後から取り戻せます。具体的には、輸入許可書に記載された消費税額を確定申告時に控除することで、実質的な消費税負担はゼロになります。この点でキャッシュフロー管理が重要です。輸入時に消費税を現金で支払い（先払い）、申告時に控除されるまでの間に資金を手当てしておく必要があります。
免税事業者（売上1,000万円未満など）の場合は仕入税額控除が受けられないため、輸入消費税は実質コストになります。資金調達と連携した計画が必要です。
越境EC出荷時に知っておくべき関税の落とし穴
仕向地の消費税・VATの事前確認
越境ECで海外に出荷する場合、輸出者（日本のEC事業者）には日本の関税はかかりませんが、輸入地となる仕向け国の関税・消費税（VAT）が最終消費者または輸入者に課されます。購入者が関税・VATの高さに驚いて荷物の受け取りを拒否するトラブルが越境ECではよく発生します。
たとえばEUではECOM（e-Commerce One-Stop Shop）制度により、EU域内への輸入品には金額にかかわらずVATが課されます（EUの少額小包課税は2026年7月から定額関税も導入予定）。また米国への輸出では追加関税の動向も確認が必要です。
| 国・地域 | 消費税（VAT）率 | 関税免税閾値（目安） | 備考 |
|---|---|---|---|
| EU全体 | 17〜27%（国による） | なし（すべてVAT課税） | 2026年7月から定額関税追加予定 |
| 米国 | 州により0〜10.25% | 800ドル未満（デミニミス） | 中国・香港経由品は制度変更に注意 |
| 英国 | 20% | 135ポンド未満はVATのみ | Brexit後はEUと別制度 |
| オーストラリア | 10%（GST） | なし（全額GST課税） | 2018年から1ドルから課税 |
| 韓国 | 10%（VAT） | 150ドル未満は免税 | 韓国越境ECは成長市場 |
| 台湾 | 5%（VAT） | 2,000台湾ドル未満は免税 | 台湾越境ECは日本商品需要が高い |
関税不足で貨物が止まるリスク
輸入時に関税・消費税が未払いのまま放置すると、貨物は税関に留め置かれます。長期間放置すると保税地域の保管期間（通常3ヶ月）を超え、最終的には国庫に没収されます。また関税の未払いはペナルティの対象にもなります。資金繰りの問題から関税が払えないというケースも起こりうるため、輸入前に関税額を試算してキャッシュフローを確保しておくことが重要です。
また複数回の輸入を行うEC事業者では、関税の一括後払い（月次まとめ払い）ができる「包括担保制度」の活用も選択肢です。通関業者に相談することで手続きを代行してもらえます。
関税の申告誤りによる追徴課税
HSコードの誤りや課税価格の過少申告は、発覚した場合に追徴課税と延滞税が課されます。悪質な場合は関税法違反として罰則の対象にもなります。特に中国からのOEM商品は品目分類が複雑なため、ロットごとの仕様変更時にはHSコードを再確認することを推奨します。不安な場合は税関への事前教示を積極的に活用してください。
FTA/EPAを活用した関税コスト削減戦略
日本のFTA/EPA締結国と活用できる商材
日本は2026年時点で21のEPA（経済連携協定）を発効・署名しています。主要なものとして、ASEAN各国との日ASEAN包括的EPA（AJCEP）、日EU・EPA、日英EPA、CPTPP（環太平洋パートナーシップ協定）、RCEPなどが挙げられます。これらを活用することで、同じ商品でも関税率を大幅に引き下げることが可能です。
EC事業者にとって特に実益が大きいのは、アパレル・雑貨・化粧品などをベトナム・インドネシア・マレーシアから輸入する場合です。AJCEPまたはRCEPの適用により、アパレル類の税率が9%台から0〜5%台に低減できます。年間輸入額が大きくなるほど削減効果は顕著です。
日本のEPA/FTA活用による関税削減は中小企業にとって有効なコスト改善手段です。経済産業省はEPA活用のガイドラインを公開しています。
原産地証明書の取得と申請手順
EPA税率を適用するには、輸入時に原産地証明書（CO: Certificate of Origin）を税関に提出する必要があります。取得方法は協定によって異なりますが、主に商工会議所発給の「第三者証明」と、輸出者・生産者が自ら発行する「自己申告」の2種類があります。RCEPでは自己申告制度が採用されており、取得コストを抑えやすくなっています。
原産地証明書の取得には、生産国での製造比率（付加価値基準）を証明する書類が必要です。中国で加工・組み立てた商品をASEAN経由で輸入しても、製造の実態が中国であれば中国原産品とみなされ、ASEAN向けEPA税率は適用されません。原産地の正確な特定が不可欠です。
活用事例（アパレル・化粧品・食品の削減効果）
実際のEC事業者の事例として、ベトナムから衣料品を年間1,000万円仕入れるケースでは、WTO協定税率9.1%を適用すると年間関税91万円が発生します。日ASEAN・EPA税率0%を適用できると、この91万円がそのまま利益に転換されます。送料やその他コストを考慮しても、EPA活用は非常に大きなインパクトを持ちます。
化粧品のケースでは、ベトナム産OEM商品にRCEPを適用することで3303〜3307類の関税率を6.9%から0%に引き下げられることがあります。ただし、原産地証明書の取得・管理・書類保存にも人的コストがかかります。少量・小ロット輸入では費用対効果を検討したうえで判断してください。
2026年の関税動向と越境ECへの影響
トランプ相互関税とデミニミス廃止の影響
2026年の関税環境に最も大きな影響を与えているのが、トランプ政権による相互関税とデミニミス制度の見直しです。米国は2025年から中国・香港からの輸入品に対する追加関税を大幅に強化し、多くのEC関連品目に100%超の追加関税が課されるようになりました。
さらにデミニミス制度（800ドル以下の個人向け輸入品への関税免除）については、中国・香港からの品目を対象とした制度撤廃が実施されており、米国向け越境ECを展開するEC事業者には価格・物流・在庫戦略の抜本的な見直しが求められています。日本国内でもSHEIN・TEMUなど中国発ECの影響が間接的に波及しており、中国発越境ECの国内倉庫シフトという動きも加速しています。
EU少額小包課税の波及効果
EUは2026年7月から少額小包に対して定額関税（2ユーロ程度）を導入予定です。これはTEMU・SHEINのような超低価格ECが急成長したことへの対抗措置で、少額商品の越境ECビジネスモデルに打撃を与えるものです。日本からEUへの輸出を行うEC事業者も影響を受けるため、消費者向けの価格表示と関税・VAT負担の説明方法を見直す必要があります。
中国仕入れへの影響と対応策
日本がWTO加盟国である中国からの輸入に直接追加関税を課しているわけではありませんが、世界的な中国製品へのサプライチェーン見直しの流れは日本の輸入EC事業者にも影響を与えています。特に電子機器・アパレル・日用品の中国輸入ビジネスでは、ASEAN（ベトナム・インドネシア・マレーシア）やインドへの調達先分散を検討する事業者が増えています。
調達先の分散はリードタイムの変化やデバンニングコストの増加を伴いますが、特定国への依存リスクを下げる効果があります。インドやベトナム・フィリピンを仕入れ先として検討する際には、各国の品質管理水準・納期・最小発注数量（MOQ）を総合的に評価してください。
まとめ：関税を把握して輸入EC事業の利益を守る
関税は、輸入仕入れを行うEC事業者にとって避けては通れないコスト要因です。本記事で解説した内容を実践に活かすために、要点を整理します。
- HSコードを正確に特定する：コードが1桁変わるだけで税率が大きく変動します。通関業者への確認・事前教示制度を活用してください
- ランディングコストで採算を計算する：仕入れ値だけでなく、関税・消費税・通関費用を含めた全コストで利益率を試算してください
- FTA/EPAを積極的に活用する：ベトナム・インドネシアなどASEAN産商品はRCEP・AJCEPで関税ゼロになるケースもあります。原産地証明書の取得コストと効果を比較してください
- 輸入通関のリードタイムを在庫計画に組み込む：通関遅延を見込んだ余裕のある補充計画が欠品・機会損失を防ぎます
- 2026年の関税動向を継続的にウォッチする：デミニミス廃止・EU定額関税など、越境ECを取り巻く関税環境は急速に変化しています
商品を日本国内の顧客に確実・迅速に届けるためには、通関後の国内発送代行の仕組みも重要です。輸入した商品をEC物流として効率的に回すためには、通関後すぐに在庫を受け入れて発送を開始できる体制が求められます。STOCKCREWの発送代行は最短7日で導入でき、初期費用・固定費0円、全国一律260円〜の配送料で利用できます。輸入仕入れからEC販売のトータルコストを最適化したい方は、ぜひお問い合わせまたはサービス資料のダウンロードをご検討ください。
よくある質問（FAQ）
Q. 少額の輸入でも関税はかかりますか？
事業目的（商業輸入）の場合、金額に関わらず関税・消費税が課されます。個人使用目的の輸入では課税価格の合計が1万円以下の場合に免税となりますが、EC事業者が仕入れで輸入する場合は商業輸入として扱われます。
Q. HSコードは自分で調べられますか？
財務省が運営する税関ウェブサイトの「実行関税率表」や「品目分類検索」を使って自分で調べることができます。ただし品目分類は専門的な判断を要するため、通関業者に確認するか、不明な場合は税関への事前教示制度を活用することを推奨します。誤申告は追徴課税の原因になります。
Q. 消費税は輸入時に払っても後で返ってきますか？
課税事業者であれば、輸入時に支払った消費税は確定申告時の仕入税額控除として取り戻せます。輸入許可書を5年間保管し、申告書に控除額を記載することで還付されます。ただし、免税事業者（売上1,000万円未満など）は控除できないため、消費税が実質コストになります。
Q. FTA/EPA税率を使うには何が必要ですか？
EPA税率を適用するには、輸入申告時に原産地証明書（Certificate of Origin）を税関に提出する必要があります。証明書は商工会議所が発行するものと、輸出者・生産者が自己申告するものの2種類があります。取得には輸出国での手続きが必要で、生産国の製造比率要件（原産地基準）を満たすことが条件です。
Q. 通関が遅れた場合の対処法はありますか？
通関が遅延している場合は、まず通関代行業者（フォワーダー）に状況確認を依頼してください。検査対象になっている場合は追加書類の提出が求められることがあります。頻繁な検査が続く場合は、申告内容・品目分類・書類の精度を見直すことで改善することがあります。リードタイム管理の観点から、初回輸入には余裕のあるスケジュールを組むことを推奨します。
