AmazonでFBA納品と自社出荷を併用する事業者の物流設計ガイド｜納品代行の流れ・料金・ラベル要件

併用が選ばれる背景と、先に決める3つのこと

Amazonの売上を伸ばしている店舗ほど、物流の負荷は季節ごとに大きく揺れます。2026年のプライム感謝祭は、Amazonの公式発表で会期が示されています。

10月16日（金）0時から10月19日（月）23時59分まで、今年も4日間にわたり開催します。

出典：アマゾンジャパン合同会社「プライム感謝祭」ニュースリリース

セールの期間は、FBAへ納品した在庫が一気に動く時期です。一方で、荷物の総量そのものも高い水準にあります。国土交通省がまとめた取扱実績は次のとおりです。

令和６年度の宅配便取扱個数は、50億3147万個で、前年度と比較して2414万個・約0.5%の増加となった。

出典：国土交通省「令和６年度 宅配便・メール便取扱実績について」

荷物が増える環境では、どの在庫をどの出口から出すかを、繁忙期の前に決めておくことが重要になります。大型セールの出荷設計は大型セールの出荷急増に備える物流設計で扱っているため、ここでは併用の骨格に絞ります。

併用が向く3つの場面

併用は、すべての店舗に必要なわけではありません。次の3つに当てはまる店舗で、効果が出やすくなります。

1. 売れ筋と非売れ筋の差が大きい——回転の速い商品だけをFBAに預け、残りは自社出荷にします。
2. サイズや重量がばらつく——FBAの保管・出荷に向かない大きな商品や、1点ずつ梱包を変えたい商品が混ざっています。
3. Amazon以外の販路でも同じ在庫を売る——自社サイトや他モールの注文を、同じ倉庫から出したい店舗です。

FBAと外部の倉庫のどちらが有利かという比較は、Amazon FBA vs 外部発送代行を徹底比較2026に費用面の整理があります。

先に決める3つのこと

併用の設計は、次の3つを先に決めると迷いにくくなります。

• 商品ごとの出口——FBA向けにするか、自社出荷向けにするかを、SKU単位で決めます。
• 倉庫に置く在庫の持ち方——FBAへ送る分と、購入者へ直接送る分を、同じ倉庫から出せるようにします。
• 受注の取り込み方——自社出荷分のAmazon受注を、どの経路で倉庫に伝えるかを決めます。

3つ目は見落とされやすい論点です。STOCKCREWが公開しているサービスの案内では、AmazonのAPI連携について「連携予定がありますが、現時点で具体的な情報は提供しかねます」と回答されています。そのため、自社出荷分の受注は、OMSやCSVなど別の経路で取り込む前提で設計します。詳しくは第6章で整理します。

商品ごとの振り分け設計——FBAに預ける商品と自社で出す商品

併用の成否は、商品の振り分けの基準で決まります。基準があいまいなままFBAに商品を預けると、動かない在庫がFBAに残り、保管の費用だけが増えます。

振り分けの基準を表にする

基準は、感覚ではなく数字で決めると運用が安定します。次の表は、SKUごとに確認する項目の例です。

この表は設計の目安であり、Amazon側の保管・納品の条件は別に確認が必要です。セラーセントラルの操作や出品の基本はAmazonセラーセントラルとは？出品手順・FBAの使い方にまとまっています。

動かない在庫をFBAに置かない

FBAに預けた在庫は、売れなければ保管の負担になります。在庫回転日数の目安を持っておくと、FBAに送る量を調整しやすくなります。計算の考え方はEC通販の在庫回転日数（DOI）改善実務ガイド、動かない在庫の扱いは滞留在庫とは？原因・リスク・解消方法で確認できます。広告費と物流コストのバランスはAmazon広告費と物流コストの損益分岐で数式つきに整理しています。

マルチチャネルFulfillmentとの違い

Amazonには、Amazonの倉庫から他の販路の注文も出荷する仕組みがあります。仕組みと費用の整理はAmazon MCFとは？に譲ります。併用設計では、自社出荷の出口を外部の倉庫に持つため、MCFとは在庫の置き場が異なる点に注意が必要です。

FBA納品を発送代行に任せる流れ

FBAへの納品は、購入者への出荷とは別の作業です。Amazonの倉庫へ送る荷物を、発送代行の倉庫で作って送り出す形になります。STOCKCREWのヘルプ「FBA向け出荷」では、FBAの納品先住所が分かっているかどうかで、手順が2通りに分かれています。

納品先の住所が分からないとき

Amazonの納品先は、納品プランを作るまで確定しないことがあります。この場合は、仮の住所で出荷指示を登録し、あとから住所を差し替えます。流れは次のとおりです。

ヘルプでは、チケットに書く情報として注文番号、商品ラベル（PDF）、箱数・重量・梱包内容（各SKUの個数）の3点が挙げられています。この情報がないと対応できないとされているため、納品プランの作成後に慌てないよう、手元に用意しておきます。

納品先の住所が分かっているとき

納品先が確定していれば、手順は短くなります。出荷指示を「保留」にせず登録し、チケットへ注文番号、商品ラベル（PDF）、配送ラベル（PDF）を添付して連絡します。住所の差し替えが要らない分、倉庫での作業から出荷までが一続きになります。

配送方法は3つから選ぶ

FBA向けの配送方法は、ヘルプでは次の3つが案内されています。

• グリーンボックス——FBA専用便です。料金は第5章で整理します。
• ヤマト運輸 宅急便——通常の宅急便で納品先へ送ります。
• （その他）FBA専用ヤマト運輸——カスタマーポータルから「FBA専用サービス貼付票（PDF）」を送る必要があります。

なお、グリーンボックスでの出荷は、サービスリニューアルのQ&Aでも「現行と変更ありません」と案内されています。ヤマト運輸の宅急便は、サイズの区分に一辺の長さの制限などの条件があるため、大きな箱はサイズを事前に確認します。燃料サーチャージの影響はAmazon FBA 3.5%燃料サーチャージの影響と対策で整理しています。

ラベルの指定サイズと付帯作業

FBAの納品でつまずきやすいのは、ラベルの準備です。サイズが合わないラベルは、貼付の段階で作業が止まります。STOCKCREWのヘルプでは、FBA向けの納品時に提出するラベルのサイズが指定されています。

ラベルの3つのサイズ

商品ラベルは、商品1点ごとに貼るバーコードです。配送ラベルは、箱に貼る納品用のラベルを指します。どちらもPDFでの提出が前提のため、Amazon側で出力したPDFを、指定の面数に合わせて用意します。商品コードを管理する場合のJANコードの基本はJANコードにあります。

バーコード貼付とOPP袋入れ

STOCKCREWでは、納品先から指定がある場合の付帯作業として、バーコードシールの貼付と、透明のOPP袋への袋入れに対応しています。バーコード貼付は、24面または40面のシールサイズのPDFで提出する形です。商品に関する付帯作業は原則として入荷時に行うため、FBAへ送る予定の商品は、入荷前に作業の依頼を済ませておくと流れが止まりません。

入荷から納品までのつながり

FBA向けの納品は、倉庫への入荷、保管、ピッキング、梱包、出荷という通常の流れの上で行われます。入荷や保管の基本はフルフィルメントとは？EC通販の5工程・費用・KPI・外注化で整理しています。FBA向けの作業は「点」と「出荷1件」に分けて費用が計算されるため、次の章で料金の構造を確認します。

料金の考え方——基本料金と配送費

STOCKCREWのFBA向け発送の料金は、基本料金（Operation Fee）と配送費（Delivery Fee）の2つで構成されています。以下はヘルプに掲載されている税別の金額です。

基本料金は、点数とサイズで決まる

基本料金には、ピッキングの費用と、資材・緩衝材の費用が含まれます。単位は「点」で、商品のサイズ区分ごとに異なります。作業の範囲は、外装検品での入荷、保管エリアへの格納、ピッキング、梱包、資材費です。なお、外装検品は梱包外装に記載の数量を正とし、内容物の確認は含みません。

グリーンボックス配送費は、個口とエリアで決まる

グリーンボックスはFBA専用便で、配送費は1個口あたりの金額です。ヘルプでは、160サイズまでは1ケースが同じ料金と案内されています。

ヤマト運輸の宅急便を選ぶ場合の配送費は、別の料金表で案内されています。発送代行全体の費用の見方は発送代行の損益分岐を出荷件数別にシミュレーションに整理があります。

試算ケース——1,000点をFBAへ納品する場合（仮の条件）

次の試算は、仮の条件による説明用の計算であり、実在の事業者の事例ではありません。Mサイズ（〜60サイズ）の商品1,000点を、1箱50点で20個口にまとめてグリーンボックスで納品すると仮定します。

基本料金は点数で決まり、配送費は個口の数とエリアで決まります。同じ1,000点でも、1箱に入れる点数を増やして個口を減らせば、配送費は下がります。ただし、箱が大きくなるほどサイズの区分は上がるため、Amazonの納品条件の範囲で調整します。

この試算にはAmazon側の費用（FBAの保管料、配送代行手数料など）は含まれていません。Amazonの出品料金のプランはAmazonの出品サービス料金のページで確認でき、各種手数料の整理はAmazon手数料の徹底解説【2026年版】にあります。

自社出荷側の設計と在庫のズレ対策

併用の後半は、購入者へ直接届ける自社出荷の設計です。FBAは納品が済めばAmazonが出荷しますが、自社出荷は受注の取り込みから配送まで、店舗側で経路を作る必要があります。

Amazonの受注を、どの経路で倉庫に伝えるか

STOCKCREWがAPI連携している相手は、モールではYahoo!ショッピング、楽天、Qoo10、Temu、カートではShopifyやBASEなど、OMSではネクストエンジン、CROSS MALL、GoQsystemです。Amazonは、この一覧に入っていません。サービスリニューアルのQ&Aでも、AmazonのAPI連携は「連携予定がありますが、具体的な情報は提供しかねます」と案内されています。

そのため、Amazonの自社出荷分の受注は、連携しているOMSを経由する構成や、CSVなどの取り込みで倉庫に伝える構成が候補になります。どの経路が使えるかは、導入前にSTOCKCREWへ確認しておくと安全です。OMSの選び方はEC向けOMS比較ガイド、OMSと物流の関係はEC受注管理（OMS）と物流の連携ガイド、ネクストエンジンの設定はネクストエンジンと発送代行のAPI連携手順にまとまっています。

在庫は「置き場」と「数」を分けて持つ

併用で最も起きやすい事故は、在庫の数のズレです。FBAに送った分は、倉庫の在庫から減ります。送ったのに倉庫の数が減っていなければ、自社出荷で売りすぎる原因になります。

• 納品指示を登録した時点で、FBA向けの数を別枠にする——倉庫の「出せる数」から外します。
• FBAの在庫と自社出荷の在庫は、Amazonの画面でも別に見る——合算した数を一つの在庫として扱いません。
• 他の販路と共有する商品は、出荷の経路を一本にする——同じ在庫を複数の経路から二重に引き当てないようにします。

在庫の見せ方の考え方は在庫は「1つ」でも見せ方は店舗の数だけある、同期の設計パターンはWMS在庫同期の設計パターン2026が詳しいです。複数のモールで在庫を共有する場合は複数ECモール同時出店の物流一元管理と在庫配分設計が手がかりになります。

配送は、ヤマトと佐川から選ぶ

STOCKCREWの配送会社は、ヤマト運輸と佐川急便です。サービスリニューアルのQ&Aでは、追跡可能な配送会社を使う旨が案内されています。Amazon自社出荷では、購入者が配送状況を確認できる点が評価に影響するため、追跡番号を出荷とともにAmazonへ反映できるかを、導入時に確認します。基本の運用はEC物流完全ガイドとネットショップの始め方でも整理されています。

FBAと自社出荷を行き来させるとき

季節によって、FBAに置く商品を入れ替えたくなる場面があります。FBAからの引き上げや、外部倉庫への移行の手順はFBAから発送代行への移行ガイドと手順の全体像、Amazon向けの発送代行の比較はAmazon発送代行の徹底比較と最適戦略にあります。海外向けに売る場合はAmazon Global Selling 物流実務ガイドも確認してください。

併用を始める前のチェックリスト

ここまでの内容を、始める前の確認事項として整理します。セールの前に一度、実際の流れで試すと、手順の抜けが早く見つかります。

設計の確認

1. 商品ごとの出口を決める——SKU単位でFBA向けか自社出荷向けかを表にします。
2. 自社出荷分のAmazon受注の取り込み経路を確認する——OMSかCSVかを、導入前にSTOCKCREWへ確認します。
3. 対象の商材を確認する——STOCKCREWは常温倉庫のため、冷蔵・冷凍商品の管理や発送は行っていません。

FBA納品の確認

4. 納品先名称に「Amazon」か「FBA」を入れる——入れ忘れるとFBA用のピッキング費用が適用されません。
5. ラベルを指定サイズで用意する——商品ラベルは40面か24面、配送ラベルは6面です。
6. 箱数・重量・SKU別の個数を控える——チケットで連絡するときに必要な3点です。

費用の確認

7. 基本料金は点数とサイズで見積もる——20円から50円まで4つの区分があります。
8. グリーンボックスの配送費は個口とエリアで見積もる——1個口の単価を、箱数に掛けます。

セールの前の準備はプライムデー2026の事前準備ガイド、年間の波動の管理はEC通販の年間出荷波動管理ガイド2026に整理があります。保管費の見直しはEC通販の保管コスト削減ガイド、在庫管理の基本はEC在庫管理の基本と改善方法2026年版にあります。

相談するときに用意する情報

問い合わせの前に、月間のAmazonの出荷件数、FBAに送る予定の点数、商品のサイズの内訳の3つをまとめておくと、見積もりが早く進みます。サービスの全体像はSTOCKCREW完全ガイド、物流の考え方は物流とは？仕組み・6大機能・EC物流戦略まで体系的に解説で確認できます。Amazonでの出品の全体像はAmazonマーケットプレイスとは？出品方法と手数料を解説が入口になります。

まとめ

AmazonでFBAと自社出荷を併用するときは、商品ごとの出口を決めることから始めます。FBA向けの納品は、納品先の住所が分かっているかで手順が分かれ、チケットで注文番号・商品ラベル・箱数と重量と梱包内容を連絡します。ラベルは40面・24面・6面の指定サイズで用意します。

料金は、基本料金（点数×サイズ）と、グリーンボックスの配送費（個口×エリア）の2つで見積もります。自社出荷側は、Amazonの直接のAPI連携がないため、受注の取り込み経路を先に確認しておくことが重要です。ここまでを整理すれば、セールの前でも落ち着いて在庫を動かせます。発送代行を比較したい場合は発送代行おすすめ25選から、相談はお問い合わせ、資料はサービス資料のダウンロードから進められます。